根据《关于加强三级公立医院绩效考核工作的意见》，国家卫生健康委、国家中医药局联合相关部门，根据三级公立医院绩效考核国家检测指标数据，对全国2398家三级公立医院（其中，综合医院1289家）开展了检测分析。考核指标体系由医疗质量、运营效率、持续发展及满意度评价4个方面。三级综合公立医院考核结果分为A++、A+、A、B++等9个等级，其中前1%区间为A++（共12家），前1%~10%区间为A+（共104家），北京清华长庚医院获评为A+级，进入全国三级综合公立医院前百位。
自2014年开业以来，北京清华长庚医院秉承“医疗服务以患者为中心，医院运营以医师为核心，医院发展以员工为重心”的宗旨，创立并践行精准医疗、精益管理、精诚服务的“三精医疗”理念，着力打造现代健康医疗服务体系。开业之初即确立以国际一流医学中心为目标的“三步走”十年发展规划，即2014—2017年，“综合建构，奠定基础”；2018—2020年，“特色发展，塑造品牌”；2021—2025年，“卓越品质，成就一流”。运营5年余，医院已经形成了涵盖内科部、外科部、妇儿部、专科部、急重症部、医技部、全科与健康医学部的7大医疗部和49个临床医技专科，初步建成临床布局合理、专科设置完善、优秀人才汇聚、医院治理良善、医疗品质一流，在业界和社会享有美誉的综合性精品医院；形成了肝胆胰中心、神经中心、消化中心、急重症中心等优势突出的整合式医疗中心，涌现出心脏内科、妇产科、耳鼻咽喉头颈外科、泌尿外科、骨科、放射科、麻醉科等重点专科。医院开展国内外领先的医疗技术百余项，创下多项世界记录，综合医疗服务能力进入北京市第一方阵，病患满意度连续名列北京市属医院前列，以先进技术和优质服务成功救治了大批来自海内外的复杂危重病患。
作为诞生于国家医疗改革背景下、成长于健康中国战略推展进程中的新型三级综合性公立医院，北京清华长庚医院由清华大学与北京市共建共管，将继续秉持“人本、济世、厚德、至善”的价值观，以“提供健康守护、培养医学精英、创新临床研究、追求卓越管理”为使命，坚持创新（Innovation）、整合（Integration）、国际化（Internationalization）、特色（Identity）的“4I”发展战略，致力于建设成为国际一流的医学中心。
