在化学结构中区别，“不饱和脂肪酸”与“饱和脂肪酸”的区别在于，前者在化学结构中有一个或者多个不饱和键，而饱和脂肪酸没有不饱和双键。
对健康的区别，不饱和脂肪酸主要包括单不饱和脂肪酸和多不饱和脂肪酸，它们分别都对人体健康有很大益处。人体所需的必需脂肪酸，就是多不饱和脂肪酸，可以合成DHA(二十二碳六烯酸)EPA(二十碳五烯酸)、AA(花生四烯酸)，它们在体内具有降血脂、改善血液循环、抑制血小板凝集、阻抑动脉粥样硬化斑块和血栓形成等功效，对心脑血管病有良好的防治效果等等。DHA亦可提高儿童的学习技能，增强记忆。
单不饱和脂肪酸可以降低血胆固醇、甘油三酯和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)的作用。虽然不饱和脂肪酸虽然益处很多，但易产生脂质过氧化反应，因而产生自由基和活性氧等物质，对细胞和组织可造成一定的损伤。
饱和脂肪酸摄入量过高是可能导致胆固醇、三酰甘油、LDL-C升高的主要原因，继而引起动脉管腔狭窄，形成动脉粥样硬化，增加患冠心病的风险。
在稳定性的区别，稳定性区别，饱和脂肪酸由于没有不饱和键所以很稳定，不容易被氧化;不饱和脂肪酸，尤其是多不饱和脂肪酸由于不饱和键增多，所以不稳定，容易被脂质过氧化反应。
常见食用油的饱和脂肪酸与不饱和脂肪酸的比例如何?饱和脂肪酸、单不饱和脂肪酸和多不饱和脂肪酸三类脂肪酸也存在互相制约的关系。这些脂肪酸的摄取应保持平衡。联合国卫生组织建议，饱和脂肪酸:单不饱和脂肪酸:多不饱和脂肪酸(SFA:MUFA:PUFA)大致应为1:1:1。但这并不是绝对的，针对不同的人在不同的时期，应该选用不同的膳食脂肪酸比例，这样才能既有利于身体健康，同时又满足了对不同口味的需求。
